דייב היאט (Dave Hyatt) ובלייק רוס (Blake Ross) החלו לעבוד על פרויקט פיירפוקס כענף ניסיוני בפרויקט מוזילה. הם האמינו כי הדרישות המסחריות שבאו מהמממן נטסקייפ יחד עם העמסת המאפיינים שבאה מהמפתחים פגמה במידת השימושיות של הדפדפן מוזילה. בכדי לתקן את הנזק הם יצרו דפדפן עצמאי שהתעתד להחליף את מוזילה.

 באפריל 2003 הכריז ארגון מוזילה כי הם משנים את המיקוד והולכים להפנות את מרב המשאבים מאסופת מוזילה לפיירפוקס ולת'נדרבירד (לקוח קוד פתוח של אימייל וחדשות).

פרויקט פיירפוקס שינה את שמו מספר פעמים. במקור הוא נקרא פיניקס, השם הוחלף לפיירברד בשל סוגיות זכויות יוצרים עם יצרנית ה־BIOS ‏ "Phoenix Technologies" גם השם החדש עורר התנגדות חזקה מצד פרויקט מסד הנתונים החינמי פיירברד. כתגובה מוזילה הכריזו כי יש תמיד לקרוא לדפדפן מוזילה פיירברד בכדי להימנע מכל בלבול.

הלחצים מקהילת המפתחים של מסד הנתונים המשיכו ולבסוף בפברואר 2004 הפך מוזילה פיירברד למוזילה פיירפוקס או בכינויו הנפוץ יותר פיירפוקס. השם "פיירפוקס" (Firefox) נבחר בשל הדמיון לשם פיירברד, אך גם בשל ייחודו בתעשיית המחשוב. כדי למנוע שינויים נוספים בשמו של המוצר, רשמה קרן מוזילה את השם "פיירפוקס" כסימן מסחרי רשום.

פרוייקט פיירפוקס עבר שינויים רבים לפני ששוחרר פיירפוקס 1.0 בנובמבר 2004. לאחר סידרה של שיפורים באבטחה וביציבות קרן מוזילה שחררה את העדכון המרכזי הראשון שלה , פיירפוקס גרסה 1.5 בנובמבר 2005.

 באוקטובר 2006 שחררה מוזילה את פיירפוקס 2. גרסה זו כללה עדכונים כגון גלישה בלשוניות, מנהל התוספים, GUI, בודק שגיאות כתיב ותוסף נגד התחזות, הונאה וגנבת זהות ברשת האינטרנט שיושם ע"י גוגל כתוסף ומאוחר יותר שולב בתוכנה עצמה.

ביוני 2008 שוגר פיירפוקס 3 ב-45 שפות כחלק מקמפיין פרסומי להיכנס לספר השיאים של גינס מוזילה הזמינה גולשים להוריד את הדפדפן, בישראל הורידו את הדפדפן במשך היממה הראשונה בלבד מעל 30 אלף משתמשים, בארצות הברית מעל 2.5 מיליון איש, ובעולם כולו מעל 8 מיליון! בפיירפוקס 3 ישנם שיפורים ועדכונים רבים מהגברת רמת האבטחה ועד המשאבים שצורך הדפדפן ממערכת המחשב.